FBA soporta el romset de mame,de hecho la última versión soporta el romset de MAME 0.156,el caso es que fba no tiene soporte de CHD y para roms CPS3 si que tendras que buscar las especificas,suelen ser las NO-CD.
Parent = Patron del juego,base del juego,rom master o como quieras llamarlo,sin este las roms clones/sets o hacks no funcionan,los parent suelen ser los (world) y las roms que más pesan.
Split = en lo general es un archivo pesado dividido en varios,supongo que fba soportará .7z,archivo contenedor con todo el romset en su interior (parent,clones,sets...)
por cierto,para megadrive y PC engine/turbografx,mejor utiliza sus emuladores especificos,fusion,mednafen,magic engine,ootake,etc...