Con Compiz yo antes lo hacia (ocupar media pantalla, para que entre 3 programas ocupen x parte de mi pantalla, etc.
Algo he leido de que a bajo nivel con gconf-editor también podrías.
Por mi parte acabo de mirar un par de apps y en gnome3 se me guarda la posición de donde las cerre por ultima vez algunas tambien.
Te ayudo con Google ^^:
http://www.ubuntu-es.org/node/91455Para modificar los "accesos directos" de los programas, instalate alacarte.
Aun asi, consejo, usa los hot-corner y tal que incorpora Unity, son la mar de comodas para resituar y colocar las cosas de muy buena manera =D, y con Compiz yo redimensionaba y colocaba las ventanas donde quisiera a golpe de teclado, siempre estaba organizado
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