Yo te recomendaría descargar el certificado digital y pasar olímpicamente del DNIe. No sé cómo estará el tema hoy en dia, pero hace unos años era una odisea el tema de los lectores de DNIe y macOS.
Desde esa decidí usar para todo el certificado descargado y pasar del DNIe. Desde esa ningún problema.
En cuanto a los PDFs, yo utilizo el Acrobat Reader y nunca he tenido ningún problema en firmar digitalmente los PDFs.
Un saludo.