No sé cómo incrustar letras en un FLAC, nunca lo hice hasta ahora; pero ya que sale el tema lo que sí puedo aportar es cómo añadir metadatos informativos a un archivo FLAC, algo que puede ser de gran utilidad.
La forma más sencilla de añadirlos, bajo Windows, sería simplemente hacer click con el botón derecho sobre el archivo FLAC y elegir la pestaña "propiedades" y luego elegir "Detalles". Ten en cuenta, eso sí, que la carpeta donde tengas el archivo FLAC no mostrará esos datos informativos, a menos que la configures, es decir, que establezcas dentro de las propiedades de esa carpeta concreta, que muestre los datos.
Otra forma de añadir metadatos es reproducir ese archivo con
el programa VLC (gratuito), y durante la reproducción de este archivo FLAC, dentro del menú de VLC, entrar en "Herramientas" y dentro de éste, "Información multimedia". Ahí ya puedes anotar los datos que quieras, y despues pinchas en el botón "Guardar metadatos".
Una tercera forma gratuita y sencilla de añadir metadatos sería abrir el archivo FLAC con
un editor de audio libre y gratuito, como AUDACITY y, al "exportarlo" de nuevo a formato FLAC, cuando el programa te pida datos, añadir los que te interesen.