cuando te refieres a mas de un backup te refieres a mas de una rom, verdad?
Bueno, si es asi lo que tienes que hacer es abrir el programa, pinchar en set pre boot, seleccionar el archivo gbapack2.0(que tiene que venir en el disco donde venia el programa) y abrir. Una vez hecho esto ya solo tienes que pinchar en write multi y seleccionar las roms que quieras meter.
Espero que fuera esto a lo que te referias.
Un saludo