Hola, a que te refieres con que te aparece un msg en la ventana de youtube? yo tengo instalado flash en mavericks y ningún problema con youtube en safari ni nada por el estilo...
por otro lado también tengo el chrome pero a diferencia del compañero, me va más rápido safari que chrome... solo uso chrome para ver streaming en twitch que si es más estable que usando safari
puedes probar con extensiones para safari que convierten el contenido flash a html5, funcionan pero personalmente no me convence por las pocas posiblidades a la hora de escoger resoluciones etc...
un saludo