En realidad el Flash2Advance funciona gracias al modo multiboot que la GBA lleva integrado. Me explico: el modo multiboot es lo que activas cuando juegas en multijugador con 1 solo cartucho pulsando Select+Start en las GBA "esclavas" al encenderlas.
Las GBA (SP incluída) tienen una secuencia de arranque que hace que si no encuentran cartucho esperen a recibir datos válidos por el puerto link.
Cuando enciendes la GBA sin cartucho, o cuando pulsas Select+Start al encenderla con un cartucho, la GBA entra en modo multiboot y espera a que le manden datos por el puerto de enlace, los graba en su memoria RAM y luego los ejecuta.
Los juegos que admiten este sistema (por ejemplo, Mario Kart) envían una versión reducida de sí mismos a las GBA esclavas, que luego éstas ejecutan. ¿Por qué reducida? Pues porque la RAM de la GBA sólo tiene 256KB, y el juego entero no cabe en ella.
De este sistema se vale el Flash2Advance: hace que el PC le mande un programa a la GBA en multiboot y luego lo ejecute. Este programa es el "i-linker" que aparece en la pantalla de la GBA cuando flasheas, y es el que se encarga de ir grabando en el cartucho los datos que le manda el ordenador (la ROM que estés flasheando).
El caso es saber si el Game Boy Player tiene modo multiboot o no. Si lo tiene, entonces el F2A debería funcionar.