Ya te he contestado al privado pero lo pongo aqui por si a alguien le puede interesar (yo nunca he usado el pogoshell, sorry). Asi es como lo hacia yo:
En cuanto a los saves, yo usaba el software Flash2Advance USB/XPP Writer 3.1, y le daba a "backup saver". Yo siempre usaba los 4 bancos que habia a la izquierda de todo (1-2-3-4 de 64k), seleccionaba cual queria pasar al PC y le daba un nombre al fichero .sav. Recuerda que solo puedes grabar partidas de 4 juegos diferentes, que se guardan en el mismo orden en el que estan los juegos en el cartucho (si hay mas de 4 juegos, los ultimos comparten el save con el cuarto, es decir que se graban los unos encima de los otros, asi que ten cuidado).