Para la última actualización de la 3DS el cartucho ya está actualizado. De modo que no tendrías ningún problema.
El problema (si se le puede llamar así) viene cuando Nintendo saca una actualización para la consola, en cuyo caso, lo más probable es que el cartucho deje de funcionar tras realizar dicha actualización. Es por ello que antes de actualizar la consola debes actualizar siempre el cartucho. Por norma general, el team de DStwo no tarda más de 2 días en sacar una actualización.
PERO RECUERDA, Siempre se debe actualizar antes el cartucho que la consola, o de lo contrario, tendrás que tirar de una NDS Lite para poder actualizar tu cartucho a la última versión.