Vamos a ver, el puerto SATA va al disco duro no?
Si quitas el disco duro del SATA... ¿cómo vas a arrancar algo en windows?
Tienes 2 dispositivos (a no ser que tengas otro arranque en PATA para otro HDD, que desconozco) y un sólo intefaz
Por eso te decía:
Búscate un pendrive con capacidad de 4GB o superior
Le instalas un SO, como windows XP (es una burrada, pero en tu caso poco te queda, o te buscar un arranque en DOS y programas para actualizar el FW a través de DOS. Por experiencia te digo que esas cosas hace mucho tiempo que no lo hago. Tuve un W95 en una unidad ZIP/100MB cuando empecé a utilizar linux)
Arrancas DOS/Windows desde el pendrive
El puerto SATA enchufaito al lector de la 360
y al lío...