Por experiencia con ese lector, ya que tengo dos, lo mejor es flashearlo por MS-DOS y dejarte de problemas.
Create un pendrive bootable, mete el dosflash y listo. Tienes mil tutoriales de como hacerlo.
Una vez en MS-DOS y ejecutado el dosflash, tendras dos maneras de realizarlo. Enviando las magic keys o si este metodo no funcionase, utilizando el metodo de re-send command y apagar y encender el lector.
Yo incluso llegue a "cargarmelo" por meterle el firmware mal, y desde MS-DOS siempre es posible recuperarlo (hasta cierto punto claro).
Un saludo.