Pues... si que puede que se te quede congelado el ordenador pero es facil la solucion...
La particularidad del sata esque puedes conectar dispositivos en caliente, es decir que si tu conectas al principio el serial ata para que la bios te lo detecte y antes de que vaya a arrancar el ordenador lo desconectas y entres a windows y lo conectes windows te lo detectara eso si para flashear un lector hitachi primero necesitas el linux slax meterlo en el pc con el lector conectado al serial ata de este modo pondras el lector en modo b, yo de ti buscaria el tutorial para hitachis y si no lo encuentras usaria la busqueda.
Un saludo.