La razón poe la que se te queda pillado el ordenador cuando quieres reflashear el firmware es porque los firmwares 4.0 en adelante incluyen la función firmguard que impide que la flash del lector sea leida o escrita sin antes desbloquearla usando un disco clave. Consulta la documentación del paquete de commodore4eva y el foro pq ya está tratado el tema.
En cuanto al erorr que te aparece, no sabría decirte, si usas un método manual introducir tus keys prueba a usar un método automatizado como el del pack de Flash78. Prueba también a flashear el firmware original con tu clave y comprueba si sigue ocurriendo. Si es así y todavía está en garantía (y no se nota que has trasteado con la consola) mándala al SAT y no te rompas la cabeza porque puede ser que tu lector se haya averiado fortuitamente.