El problema radica exactamente en lo que afirma Raziel. El FlashMe no se puede realizar en modo GBA porque al activarse dicho modo se apaga TODO salvo lo necesario para funcionar en modo GBA. En resumidas cuentas, cuando la DS detecta el arranque en modo GBA, se apaga el procesador ARM9, el WiFi, los botones X e Y (que si alguno ha programado con las LIBNDS sabrá que requieren una función de lectura diferente al resto de botones), y supongo que más cosas que ahora no recuerdo. Todo esto también implica que en modo GBA no se puede acceder a la zona de memoria donde está grabado el firmware de la consola (sólo accesible desde el ARM9 por deducción).
No sé, pienso yo que se cae de cajón que estos maestros de la programación que han creado el flashme ya habrían sacado una versión exclusiva para modo GBA si eso fuera posible.
Y por cierto, Ackman, estas confundiendo conceptos. Que las primeras versiones tuvieran una extensión .gba no quiere decir en absoluto que estuvieran programadas con librerias de GBA ni nada por el estilo. Te recuerdo que por aquellos tiempos en que el único modo de arrancar homebrew era desde cartuchos flash de GBA, todo se hacía con extensión .gba (o te lo hacías tú al añadirle el ndsloader.bin) para poder ser grabado en dichos cartuchos, ya que sino no los reconocían los programas gestores de aquellos (ez-flash y compañía). Si intentas cargar en modo GBA cualquier cosa programada para NDS y creada como .gba al incluir el ndsloader.bin para ser grabada en flash, lo único que obtendrás será un pantallazo blanco y punto, ya que el ARM7 modo GBA no sabrá interpretarlo (lleva dos ejecutables embebidos, el del arm7 y el del arm9).
Salu2.
Edito para intentar aclarar un poco mi explicacion del uso de los .gba hace meses, aunque no creo que sea tan claro como yo querria xD.