Lo mas probable es que te saliera ese warning pq no pasabas bien las roms, las tienes que pasar con el m3 game manager, puesto que sino no te crea el archivo de save en la memoria sd, y cuando intenta grabar la partida no encuentra ese archivo y da el warning.
Lo más normal es que fuera por eso, aunque a lo mejor era otro problema... a saber.
Edit: Acabo de mirar el Yoshi's island y efectivamente no sale la opción de force r/w. Pero puedes hacer una cosa, creas un zip del backup, y con el m3 game manager seleccionas dicho zip, y te dejará marcar la opción force r/w. Pruébalo.
Salu2.