¿eSTAS RECODIFICANDO ESOS VIDEOS o solo estas haciendo una copia directa sin recodificar?
Si es la copia directa del audio y video, para poder fusionarlos tienen que tener el mismo formato de audio, video y las mismas caracteristicas de codificacion -dimensiones, relacion de aspecto tipo de bitrate [CBR o VBR], frecuencia de muestreo, etc.-. La solucion seria recodificacion completa -audio y video- junto con la tarea de fusion.
Si estas recodificando como parte de la tarea de fusion, ese error quiza sea debido a que hay algun stream de audio o de video de alguno de esos archivos de video que esta dando problemas en su decodificacion y por ello bloquea el trabajo.
Recomiendo mejor usar el software Mediacoder, mas formatos de audio y video soportados, sus propios decodificadores integrados y no depender de los instalados en windows, soporte para adherier subtitulos -subtitulos fijos-, salida a una amplia variedad de archivos contenedores de video, cortar, unir y fusionar, rip desde DVD y servidor streaming.
