Respecto a tu primera pregunta:
Windows no te va a escribir en los sectores dañados
Si vas a hacer un formateo a bajo nivel perderás todos los datos de todo el disco duro, las dos particiones. Te lo digo por experiencia porque yo lo hice hace un par de semanas. No se si es peligroso, al mio no le pasó nada, aunque quizá fui algo inconsciente (ya te digo que me borró las dos particiones).De todas formas no se si te servirá de algo. Como bien dice el amigo MaxVB, si está dañado, es que está dañado, es un hecho comprobado científicamente.
Si al final te decides a probar puedes hacerlo desde el menú de configuración que aparece cuando le das a Supr al arrancar el ordenador. No cambies ninguna otra opción del menú. También necesitarás un disquete de arranque de MS-DOS para volver a hacer las particiones (teclea FDISK).
Un saludo y espero que te sirva.