Te indico lo que yo creo mejor desde mi experiencia:
0. (opcional) Guardar tus datos, es decir, hacer un backup.
1. Ir a la web y recopilar todos los drivers.
2. Meterlo todo en un pendrive USB/CD.
3. Descargar y grabar Gparted en un CD.
4. Quitar todas las particiones.
5. Particionar a tu gusto, recomiendo dos particones:
- C: SISTEMA (Tamaño: X GB, mínimo 40 GB si es Vista/7 y 20 GB si es XP).
- D: BACKUP (Tamaño: 12 GB)
- E: DATOS (Tamaño: el resto libre)
6. Instalar la versión de Windows qué quieras con los programas que te gusten, no recuperes los datos del backup ni documentos ni nada, debe ser una instalación "vacía" de datos, solo programas imprescindibles y demás.
7. Una vez todo instalado y configurado te descargas el CloneZilla y lo grabas en un CD.
8. Inicias desde este CD y creas una imagen de la C:SISTEMA en la D:BACKUP, así si le pasa algo a Windows simplemente volcas la imagen de D:BACKUP en C:SISTEMA.
Si quieres puedes utilizar el CloneZilla para ir creando copias semanales del sistema en la partición E:DATOS.
Saludos!