Hombre, yo antes que el 98 o Me, si tienes el Xp o el 2000 mejor, pero si tienes que elegir entre los dos que has dicho quedate con el 98, el Me es lo peor que ha hecho M$ en su vida, y eso que ha hecho cosas malas.
Lo que le he dich oaquí al amigo, cojes un disco de inicio del win98 y arrancas en modo msdos, formateas ambas particiones (format c: o la letra que sea) y después metes el cd del sistema operativo a instalar.
Doy por hecho que tienes en la bios que primero intente arrancar desde la disketera, despues desde el cdrom y despues desde el hdd, si no pues lo haces.