Mac OS X trae un programa llamada Utilidad de Discos (Aplicaciones > Utilidades > Utilidad de Discos. Simplemente ábrelo, selecciona tu disco duro externo en el panel izquierdo y en la pestaña "Borrar", selecciona el sistema de archivos por defecto.
Para poder verlo en Windows, necesitas el programa Paragon HFS for Windows. Yo tengo el programa, así que si quieres te lo paso.
Saludos