Pues theFlow recomienda antes que nada para actualizar a 3.65 hacer un respaldo con qcma de vitashell (la mas reciente compatible con 3.65) por cualquier cosa puedas acceder a la memoria interna y si formateas la consola pierdes la cuenta y qcma necesita una cuenta para funcionar, pero como comente antes puedes respaldar la cuenta, despues formatear consola y volver a insertarla con vitashell, o creo que con renpdrm puedes volver a loguearte desde 3.60 pero yo nunca he utilizado este plugin.
Sigue el tuto de peska2 y no tendrás problemas al actualizar a 3.65 enso.