Primero abres el editor de particiones, selecciones el usb, si esta montado lo desmontas, luego pinchas el boton secundario y le das a borrar( si tienes una sola particion, pues esa,si tienes mas de una, las borras todas), luego le das a nueva partición , seleccionas formato y tamaño, y le das a aceptar , luego le das a aplicar , aplicar operaciones pendientes y cuando acabe le das a aceptar y ya lo tienes.