Depende, si el formateo por defecto te vale no te compliques más la vida, si quieres hacer varias particiones, hacerlas con tablas GPT en vez de mbr, etc, entonces di es recomendable que las prepares antes con otro programa. Yo solía usar el PartitionMagic pero hoypor hoy posiblemente la mejor opción sea el GParted, que de hecho es una mini distro Linux que permite hacer muchas más cosas aparte de formatear, échale un ojo.