bajate un programa llamado "fat32format", una vez que lo tengas bajado lo copias en el d¡rectorio raíz C, le das a "inicio" y le das a ejecutar, escribes CMD y se te abrira una ventana de DOS, escribe "cd.." hasta quee estes en C:, entonces escribe fat32format X: siendo la X la letra del disco duro USB que quieras borrar, le das a enter y dices que si.
saludos