No te preocupes por ese detalle.
Los discos duros esatn ordenados por "sectores", imaginalos como pequeños cubos que pueden albergar 4kb o 8KB -o mas dependiendo del formato empleado {FAT,NTFS,EXT,etc}-, supongamos que es de 8kb lo que puede contener, ahora supon que almecenas un archivo de 32kb, este ocupara 4 cubos, despues almacenas un archivos de 48kb ocupara 6 cubos despues del ultimo cubo ocupado, por lo que tendras 10 cubos ocupados por 2 archivos.
Ahora viene lo interesante, supon que quitamos el primer archivo de 32kb, vaciaremos los 4 cubos que ocupaba este, de esos 10 cubos los ultimos 6 esatn ocupados y los primero 4 estan libres. Ahora agregamos un archivo de 72kb, este archivo ocupa 9 cubos. Este archivo ocupara los primeros 4 cubos libres, se saltara los 6 cubos ocupados por el otro archivo y llenara los 5 cubos que encuentre libres despues del cubo 10, asi tendremos 15 cubos ocupados por 2 archivos, donde uno de estos esta "fragmentado" al no esatr en cubos continuos.
A eso se le llama fragmentado, asi tenemos archivos fragmentados y cuando borramos estos dejan esapcios o huecos, a estos huecos les llama espacio fragmentado.