En content van los juegos en GOD, títulos de XBLA, etc.
En Games se colocan los juegos extraídos como archivos.
Clásicos es para títulos de Xbox 1 (necesitas tener archivos de compatibilidad instalados y su partición visible).
Homebrew es para aplicaciones caseras.
Y emuladores pues está claro
Cada cosa va en su sitio y desde el FSD debes indicar la ruta en la que se encuentra cada apartado para que cuando hagas un escaneo "aparezca" el contenido.