Tiene pinta de condensador, y si no me equivoco es el de estabilizar la tensión de alimentación de la FPGA o del otro integrado que lleva.
El chip funcionará, ese condensador va entre tensión y tierra y sirve para filtrar las fluctuaciones de tensión en la alimentación. Es decir, si hay 3'3V pero fluctua a 3'1V durante muy poco tiempo, se saca la energía del condensador y el chip no lo nota. Dependiendo de la capacidad del condensador se filtra más o menos tiempo.
El caso es que, por esta razón, es mejor que si puedes resuldes el condensador, puesto que le chip estará más protegido y funcionará de forma más fiable. Si empiezas a tener fallos erráticos del chip ya sabes de donde pueden venir.
Saludotes.