Todo lo que te pasa es normal. El caso es que el mando que te trae la consola está ya sincronizado con tu Wii y es por así decirlo el mando principal, con el que encender y apagar la consola. Si quieres poder hacerlo con el segundo mando deberás sincronizar éste con tu Wii.
Lo que yo hago es dejar siempre el mismo mando como mando principal, y cuando quiero jugar con más peña, sincronizo los mandos desde el menú de Wii o si el juego lo permite, lo hago desde el propio juego. Esto se hace pulsando los botones 1 y 2 del mando que quieras que te detecte la Wii.
Yo sigo éste método porque es el que no me da problemas, ya que alguna vez se me han desincronizado los mandos y he tenido que volver a sincronizarlos a mano (pulsando los botones rojos en el mando y el la Wii a la vez).