Antes de que salten los típicos de "espera que saco mi bola de cristal" o "esto ya se ha dicho miles de veces" te comento..
Lo del futuro CFW, ni idea, de momento no se sabe si sacarán o no sacarán nada, la gente está muy impaciente e irritable, y los sceners no reciben ni las gracias mayormente, así que visto el panorama no se sabe que pasará.
Respecto a lo otro, deberías tener los EBOOT.BIN originales guardados. El EBOOT.BIN no funcionará siempre. El ejemplo mas básico es que cuando tienes algún EBOOT modificado para 3.41 y actualizas a algún CFW 3.55, en éste, deja de funcionar el backup hasta que le pones el EBOOT original.