@Perfect Ardamax según el esquema el pin 1 sería la entrada de VIN (voltaje entrada) y los pines 3 y cuatro GND (tierra, masa).
Entonces el positivo en el pin 1 y el negativo en el 3 o 4 (ambos son GND) y esa sería la entrada, debería haber 3V aprox., si pones las puntas al revés no pasa nada, solo te saldrá la lectura en negativo.
Si no llegan los 3v pues el problema está antes del conversor DC-DC.
Luego las salidas, la de 5v está en el pin 7, a si que medir entre el pin 7 (positivo) y el 3 o 4 (negativo).
Las otras están entre 13 y 16v, una es el pin 6 (positivo) y el negativo ya sabemos (pin 3 o 4);
la otra salida es el pin 5 (positivo) y el negativo 3 o 4 para medir de nuevo.
No se si me explico, el negativo están siempre en el pin 3 o 4 que sería el punto común (punta negra) y para hacer cada medida en cada pin de salida antes mencionados (positivo, punta roja), medidas por separado por supuesto.
En teoría debe estar bien porque te funciona con adaptador AC/DC, supongo la avería está antes de llegar ahí, algún componente asociado a los contactos de las pilas.
EDITO: mide el componete em8 en resistencia y dime el valor (es el único componente veo asociado al circuito de conexión de pilas).