Hay varios factores que hacen que la SC consuma mas o menos bateria (Asi que ve haciendo tus pruebas para ajustarlas a tus necesidades)...
Por ejemplo el passme consume bastante bateria asi que el flashme reduce su consumo (Para mi en lo personal una muy buena opcion) P.D con o sin CF gastara lo mismo (Y para evitar fallas no recomiendo quitar la CF)
Ahora la SC tiene 2 modos de ejecutar los archivos uno desde la SC (Consume menos bateria pero consume mas "Tiempo de carga") y su opuesto desde la CF/SD (Es mas rapida la carga pero no podras quitar la CF/SD en ningun instante)
En el segundo caso el consumo es mayor pero todo depende de cuanto tiempo juegues al dia (Yo siempre lo pongo a cargar la noche anterior) y asi jamas se me descarga la NDS Bueno para el tiempo que la juego (+o- 3 horas al dia)
Ahora estar cambiendo de juego a cada rato (Con esto debes estar enciende y apaga la consola) eso gastara mucha bateria,Igualmente jugar GBA desde el modo NDS (La pantalla baja quedara inutilmente encendida tragando bateria)..
Estos son solo algunos factores,Pero espero que te sean de ayuda...