Lo que hago yo es abrir las roms en el EZclient y pulsar sobre send, entonces me saca la rom parcheada y renombrada en la carpeta que le pongo (en mi caso C:\Temp\NDS) y en C:\ me crea una carpeta llamada "saver" con los *.sav. Ojo, no me renombra las últimas releases, no he encontrado todavía un fichero actualizado para que las reconozca.
Después de esto meto las roms parcheadas y la carpeta "saver" en la SD dentro de una carpeta GBA o NDS según el tipo de las roms. El problema que me he encontrado es que parece que los juegos de NDS no salvan, me sale un error al iniciar la consola diciendo que tengo que crear un archivo *.sav primero (está creado ya) y me crea una carpeta "SAVER" en la raiz de la SD.
Entonces mi pregunta es si tengo que poner la carpeta SAVER en la raiz de la SD junto a todas las roms de NDS y GBA sin poder ordenarlas en carpetas.