Bueno, ya he conseguido arreglar el problema:
Estaba usando la version del loader llamada "EZ4loader070315-NoNDS", por que segun lei, tiene mas compatibilidad con gba.
Supuestamente con la version "EZ4loader070315-RESET" el problema se arregla, pero no la he probado.
Ambas son versiones hackeadas de la oficial: "EZ4loader070315", esta es la que me he puesto y en los juegos que he probado funciona el reset, pero no ARRIBA+L+A+B, sino el de toda la vida A+B+START+SELECT.
SALU2!!!