En lo personal, mi método favorito es el USB-GDRom, tienes un 100% de compatibilidad con los juegos y puedes utilizar ISOs, CDI & GDI, además de ser versátil en cuanto a los dispositivos de almacenamiento que puedes utilizar; entiéndase pendrives, HDD y tarjetas SD mediante adaptador. La única desventaja a mi parecer es el precio y que no puedes utilizar tus GD's originales sin montar nuevamente la unidad lectora.
El GD-EMU es buena opción, pero en lo personal no me agrada el método para cargar los juegos, también tienes un 100% de compatibilidad, pero sólo puedes utilizar tarjetas SD.
Y el mod HDD ya de por sí tienes que entrar a modificar la consola y ser hábil con el soldador. En lo personal no me agrada este mod, no me gusta modificar el exterior de mis consolas. No todos los juegos son compatibles y dependes de cuanto avance la scene con respecto al Dreamshell. El lado positivo es el bajo costo y que mantienes la unidad lectora en caso de querer utilizar tus juegos originales.
Finalmente el adaptador SD, huye completamente de él si lo que quieres es cargar ISOS de Dreamcast, el ancho de banda es muy limitado y afecta negativamente el gameplay, sólo utilizado para homebrews y emuldores. No es necesario modificar la consola (puedes hacerlo si quieres), es más fácil comprar el adaptador que se conecta al puerto serial de la consola, el mismo de la foto que adjunté.
Saludos.