El primer FPS comericial en 3D fue Quake, no lo olvides, y fue una evolución del concepto 2D (tb llamado a veces 2.5D, ya que todo era 2D, un modo 7 burro)
Mario 64 es la evolución de las 2D en el genero, el paso lógico, y si hacía más cosas que los anteriores marios (jugué a todos, ya que crecí con las maquinas nintendo), es por que la maquina también permitía más cosas.
Es simple evolución, y se hacen más cosas, por que el entorno 3D permite cosas que el 2D no, simplemente. Pero la jugabilidad base es la misma que en 2D. Saltar, comer trippies y matar al enemigo de turno (y de paso, recorrer el escenario, pillar estrellitas... bla bla bla)