Quiza me he hecho un lio explicandolo, voy a poner un ejemplo. Tengo un array de tamaño 10,pues bien quiero generar una secuencia de numeros aleatorios del 0-9 sin que se repitan, así el array podría ser: 6,7,2,9,3,8,0,1,5,4.
GameZelda, es una alternativa que tambien pense, pero al fin y al cabo tendria el mismo problema, puesto que debo de generar números que no se repitan para sacar el vector. Y en lo referente al bug, creo que el problema que dices no es tal, porque en la primera iteracion del bucle no se comprueba el band, ya que la i no es mayor que 0, por lo que no entra en el if y hace la asignación antes de comprobar la bandera.
PD:Por el srand(time(0)), que es como lo tengo puesto en el programa principal no es. Se me olvido comentar que tenia esa función puesta.