Yo te cuento mi experiencia personal por si te sirve de algo.
Una vez estuve en un caso parecido al tuyo, una chica se iba de viaje durante unos días/semanas (no lo recuerdo bien) y tenía la misma duda que tu.
Pues bien, decidí que era mejor despedirme de ella de un modo más cariñoso de lo normal y así lo hice, cuando me despedí de ella ataqué a su boca. Lo importante en esos momentos no es la respuesta, porque normalmente no se lo esperan, así que seguramente la pillas con que no sabe que decir/hacer (dependiendo de lo claro que tenga que siente por ti).
Y ahora te cuento el resultado de hacerlo antes y no cuando ella vuelva. Si lo haces antes de que se vaya, ella va a pensar en ti y en tu beso, durante todo el viaje y durante el tiempo que esté fuera. Por mi experiencia, incluso posteriormente se puede colar con algún regalito a la vuelta como signo de que ha pensado en ti (aunque esto no tiene porque ser así, claro está).
Yo si estuviera en la misma situación tuya, lo haría ya y no esperaría. Pero si no puede ser, pues nada... más vale tarde que nunca.