Si tienes UEFI, lo que te debe estar pasando es que no estás creando la partición de UEFI, que es de 50 y pico megas, por lo que el ordenador no lo reconoce como una partición arrancable y por tanto no lo hace.
Si a lo que te refieres es a que no te está arrancando del USB, prueba a ver si es que no tienes habilitado en la UEFI el arranque de esta unidad, o dale a que arranque directamente desde ella. Además, puede que tengas en UEFI bloqueado el uso de otros sistemas operativos que no sean Windows 7/8, así que echa un vistazo también.
Creo que no me olvido nada, aunque todo puede ser.
Llegados a este punto, decir que yo usé desde windows el Unetbootin y me fue de maravilla, así que me extrañaría que a ti no te fuera bien. Prueba a formatear debidamente el USB, porque para que sea de arranque no todos los tipos de formateo valen...