Para el problema de lentitud, péganos el make.conf a ver si hay algo raro.
Para lo de las use flags, de nuevo:
USE="-bla bla" emerge bla
Sólo hace efecto en el paquete 'bla', y al actualizar o recompilar se pierden. El signo menos desactiva la flag, si no hay signo menos la activa.
echo "net-p2p/amule gtk unicode nls" >> /etc/portage/package.use
Lo mismo de antes, pero no perderas las use's al recompilar o actualizar. Es permanente para los paquetes que añadas a ese fichero.
euse -E pdf X -cddb
(necesitas gentoolkit) añade use's al fichero make.conf, de modo que sean use's globales para todos los paquetes (excepto para los que se encuentren en package.use, es prioritario).
Recuerda, el signo "-" desactiva el soporte de esa use flag de la que vaya acompañada.
Es interesante instalar paquetes de este modo
emerge -av amule
Para poder ver las use's disponibles para ese paquete y sopesar si alguna te interesa tenerla activada o desactivada, de la manera que te explico justo encima.