Gracias por la respuesta.
Ya he buscado un poco en este sitio pero siempre me queda la duda de si al instalar x gestor no entrara en conflicto con los que están instalados en n y m carpetas. Yo tengo SPIP y Wordpress instalados en carpetas del sitio Web y me gustaría mantener la estructura del sitio lo más limpia posible. Lo ideal sería un gestor, con las características que nombre antes, que se pueda instalar en la raíz pero solo use una carteta para funcionar. Wordpress usa como 4, por ejemplo.
¿Alguno de ustedes ha hecho algo como lo que pregunto al principio?
Gracias nuevamente.