Yo uso XFE porq es lo mas liviano y rápido q he visto, porq permite seleccionar y arrastrar, y sobre todo porq permite un arbol en un lateral y dos paneles más para mover archivos entre ellos.
Además tienes opciones de montaje y desmontaje de dispositivos, gestion de permisos, borrado seguro con papelera, terminal, ventana de root.... un monton de cosas.