No se que windowmanager usas... pero si usas KDE, pulsa sobre el boton del programa en la barra de tareas y le indicas que lo haga "siempre visible" y que este en todos los escritorios.
Aunque si lo quieres hacer mediante la linea de comandos, tienes que iniciar el programa gkrellm con kstart y pasarle el parametro --ontop.
$kstart --ontop gkrellm
salu2
PD: hace un kstart --help para mas opciones.