Hay una forma aunque es un poco coñazo, pero amos que es hacerlo una vez y ya está.
Tienes que poner nautilus en el modo "spatial", para ello vas a Editar -> Preferencias, pestaña "Comportamiento" y marcas "Abrir cada carpeta en su propia ventana" (raro se me hace eso de carpeta en linux, pero bueno). Una vez hecho esto, cierras nautilus, lo abres y verás que te abre una ventana pequeña por cada directorio al que entres. Ahora, si cambias el fondo, se cambiará sólo del directorio en el que estés. Cambias todos los fondos que quieras y vuelves a poner nautilus en el modo anterior, y los fondos de las carpetas permanecerán. Ahora aunque pongas un fondo en el modo "normal", se mantendrán los fondos que has cambiado en el modo de ventana por directorio.
Desconozco si hay otra forma.