Gnome 3D?, sera gnome con compiz no?, no creo que te refieras a Gnome-shell
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"Gnome 3D" o como lo quieras llamar, sera Gnome con efectos de Compiz, entre los cuales estan el cubo 3D, ventas 3D, transparencias y demas pijerias que necesitan aceleración gráfica.
Aparte de los efectos, tiene mas soporte de accesibilidad y configuraciones avanzadas que no muchos utilizan. Vamos, que es una "plataforma" para usar plugins digamos.
Unity no es mas que gnome con compiz usando una interfaz distinta llamada Unity.
Si, usar compiz gasta recursos, muchos recursos y sino necesitas los efectos y demas cosas te los puedes ahorrar tranquilamente
, aunque te aviso ya que en un futuro se usara Unity y gnome-shell ya sea con o sin aceleracion grafica.