No es problema de la Supercard, sino del GoombaColor, que al ser una versión alpha no va nada fino (mucho errores gráficos del tipo que comentas), además sólo salva bien si el save que utiliza el juego es pequeño (no recuerdo ahora mismo el tamaño máximo), pero por ejemplo el Link's Awakening de GBC no me salvaba la partida (bueno, se salvaba pero al apagar y volver a arrancar la consola la partida salvada desaparecía) y tampoco permite hacer savestates.
En resumen: no te compliques, porque la mayoría de los juegos de GBC no van a rular bien con GoombaColor. Con suerte encontrarás alguno jugable y que permita salvar, pero ya está.