Sí que hay una razón técnica (solo una) para ponerla en vertical, y es que con los mostrencos de disipadores que meten últimamente en gamas altas (casi siempre innecesarios, porque las gráficas no consumen tanto y tampoco son especialmente silenciosas comparadas con generaciones anteriores) el "GPU sag" (que se dobla, vamos) es considerable si no pones un soporte. Los PCBs y las cajas no están pensados para tener 2KG de bicho sujeto con solo un par de tornillos, y menos en el eje que más longitud tiene y que peor va a aguantar el esfuerzo de flexión.
Si la pones en vertical, la gráfica apoya en un eje que es mucho menos problemático (la mayoría de materiales trabajan muy bien a compresión, y no tanto en flexión).
El problema es que todo lo demás son pegas. Para empezar, los risers buenos son caros (la frecuencia de un bus PCIe es alta y hacen falta cables coaxiales, de la sección adecuada, flexibles, bien soldados, etc), para seguir, como dice
@lerelerele fallan con frecuencia, y muchas veces de formas que no son nada evidentes (algún cuelgue esporádico, pantallazos azules que no se sabe de qué vienen, etc.)
Así que yo, por todo eso, la tengo en horizontal, en su posición normal. Para mí la estética es secundaria. Las temperaturas no tienen por qué ser mejores ni peores si el flujo de la caja es correcto y el disipador de la GPU está bien diseñado. El contacto del disipador con la GPU no tiene por qué ser peor en vertical, de hecho en la posición normal el disipador está hacia abajo, "tirando".
Saludos