A mi me ocurre lo mismo... con dos grabadoras, en tres lectores distintos y grabandolos tanto en Windows como en Linux.
Las grabadoras son una NEC 2510 en Linux y una Toshiba en Windows.
Me ocurre lo mismo que a tí, que los últimos videos dan saltos, o sencillamente no se ven, excepto si los ves en una grabadora.
Los soportes que uso son Verbatim, así que tras mucho indagar he llegado a la conclusión de que el problema son los lectores de DVD, que tienen varios años, y ninguno se lleva bien con los DVD-R, excepto las propias grabadoras, claro. Igual es mala suerte, pero es así. El único lector que no me ha dado problemas es uno marca NISUPA (ni su padre lo conoce) bastante nuevo que un amigo mio desechó porque hacía ruidos raros. Aunque curiosamente en algunos DVD-R pasa justo lo contrario, que son los videos primeros los que fallan. Aunque ultimamente me funciona todo bien.