Podrá haber incompatibilidades entre programas, pero entre Windows y Linux, soportando ambos el estándar de escritura de CD y DVD, no debería haber ninguno. La verdad que suena a mito. Es como la gente que usa OpenOffice y dice que no se ve en Word, y que por eso es una mierda. Luego lo que pasa en realidad es que exportan en el formato de OpenOffice que Word no soporta. Se llama confundir el tocino con la velocidad.
Eso si, si creas imágenes de CD usa preferiblemente ISO, los formatos propios de los programas de grabación como Nero son mas incómodos de manejar en Linux.