cdi2iso tiene toda la pinta de ser un programa sin entorno gráfico, abre una terminal, ejecuta "cdi2iso --help" a ver qué te dice, pero probablemente sólo tengas que hacer "cdi2iso imagen.cdi imagen.iso".
Si alguna vez quieres ayuda para resolver un problema concreto lo menos que puedes hacer es explicar el problema y poner exactamente el mensaje de error que te da, no sé qué esperas que hagamos con "no se que cosa de ejecutar en root que si patatin que si patatan".
