A eso se le llama latencia, depende de la tarjeta de sonido.
Yo uso cubase, pero audacity debe tener una opción para ajustar el retardo de la pista. Cuando acabes de grabar la segunda pista, ajustala al metrónomo con la opción que sea en audacity.
También pasa que si te estás monitorizando por el programa se produce la latencia en tiempo real. Te vale más grabarlo monitorizandote por fuera y luego ajustar el tiempo, porque grabar con latencia (al menos para mí) es imposible.
